Institutionsstyrelsen har ett övergripande ansvar och är högsta beslutande organ vid institutionen. Prefekten ansvarar för och leder hela institutionens arbete. Till sitt stöd har prefekten en ledningsgrupp som fungerar som ett rådgivande organ.

Administration
Den administrativa chefen har övergripande ansvar för det administrativa arbetet, som omfattar i stort sett hela institutionen. Utbildningsansvariga har ett speciellt ansvar för grund- och forskarutbildningen.

Grundutbildning
Hit räknas lärarutbildningar, fristående kurser och uppdragsutbildningar. Denna avdelning leds av studierektorer på grundnivå och avancerad nivå och är organiserad i ämnesgrupper med vetenskapliga ledare och studierektorer.

Forskarutbildning
Leds av studierektor för utbildning på forskarnivå. Institutionen för språkdidaktik deltar i flera nationella och regionala forskarskolor.

Forskning
Språkdidaktik är ett brett, flervetenskapligt ämne. Forskarkollegiet vid institutionen förbereder ärenden som rör forskning och forskarutbildning.

Nationella slutprov inom sfi
Proven utarbetas vid Institutionen för språkdidaktik på uppdrag av Skolverket, under ledning av en projektledare.

Nationellt centrum för svenska som andraspråk
Nationellt resurs- och utvecklingscentrum på uppdrag av regeringen. Fristående enhet inom institutionen, med egen föreståndare.

Språkstudion
Fristående enhet inom Institutionen för språkdidaktik, med egen föreståndare. En resurs för alla studenter som studerar språkämnen vid Stockholms universitet.